Сергей Байдаков родился 11 февраля 1965 г. в подмосковной Балашихе. В 1988 г. окончил Московский энергетический институт, где впервые попробовал себя в качестве управленца – был председателем профкома студентов и директором студенческого городка. Получив диплом о высшем образовании, еще несколько лет проработал в родном вузе, после чего посвятил свою профессиональную жизнь городскому хозяйству.

В декабре 1993 г. стал первым заместителем супрефекта муниципального округа Лефортово. На этой должности курировал жилищно-коммунальное хозяйство и занимался развитием инфраструктуры округа. Одновременно продолжал учиться: в 1995 г. окончил Московскую государственную юридическую академию, а в 1999-м получил ученую степень кандидата юридических наук.

В том же 1999 г. по представлению мэра был избран главой управы района Лефортово. В марте 2000-го С.Л. Байдаков назначен на должность первого заместителя префекта ЦАО. На этом посту до конца 2003 г. курировал жилищно-коммунальное хозяйство, антитеррористическую деятельность префектуры и вопросы безопасности. В декабре 2003 г. назначен префектом Центрального административного округа города Москвы.

Имеет государственные награды Российской Федерации. В 2005 г. за большой личный вклад в социально-экономическое развитие Москвы, плодотворную деятельность по поддержке различных инициатив граждан и их объединений в Центральном административном округе, действенное участие в разработке и реализации городских и окружных социально значимых целевых программ получил высшую общественную награду России – Золотой почетный знак «Общественное признание».

Является председателем Ассоциации уличного баскетбола России.